Füge ich über $dirs die zu durchsuchenden Verzeichnisse hinzu, werden alle Verzeichnisse ab der zweiten Hierarchieebene ignoriert: /sub ist kein Problem und liefert die passenden Ergebnisse, /sub/sub2 liefert nur Ergebnisse aus dem Verzeichnis "sub".

Richtig. Genau so ist das.

Wird $alledirs = true gesetzt, kommt die angesprochene Fehlermeldung.

Hm? Was jetzt? In https://forum.weisshart.de/index.php?mode=thread&id=989 schreibst du "$alledirs hatte ich auf true gesetzt, weil bei Verwendung von $dirs der Fehler auftrat."
Also wann jetzt? mit $alledirs = "true" oder $alldirs = "false"?

PS: Wie schon geschrieben, tritt der Fehler nur auf, wenn eines der aufgelisteten Verzeichnisse nicht existiert.