D. h. im Umkehrschluss, dass Verzeichnisse ab der zweiten Hierarchieebene nicht mehr durchsucht werden?!

Nein, das heißt es nicht. Es heißt nur, dass für jedes zu durchsuchende Verzeichnis der vollständige Pfad mit angegeben werden muss, siehe Beispiel in der config:
// $dirs = array(
// './',
// './subdir/',
// './subdir/subsub/'
// );