… dass das Script, das die Wiedergabe eines Songs bei Aufruf eines weiteren Liedes pausieren lässt (jQuery(document).ready(function($) ...), nicht funktioniert, wenn es in eine js-Datei ausgelagert wird.

Ob ausgelagert oder nicht, spielt keine Rolle. Entscheidend ist, dass es erst aufgerufen wird, nachdem jQuery geladen ist.

Das Script zum Abspielen der Songs habe ich so ausgelagert.

Was bitte ist das "Script zum Abspielen der Songs"?

… weil insoweit keine durchgehende Nummerierung vorliegt. Kann man das JavaScript insoweit ändern oder anpassen?

Das Script basiert auf einer lückenlosen Nummerierung der einzelnen Titel ab 0(null). Mit einer "Anpassung" ist es daher leider nicht getan.