Ohne Kenntnis der betreffenden Seite bzw. Datei kann ich nur sagen, dass dieses Verhalten untypisch ist. Selbstverständlich durchsucht das Script auch Inhalte nach PHP-Codeblöcken.
Um festzustellen, warum das in diesem Fall anscheinend nicht klappt, müsste ich die betreffende Datei analysieren.