Dann dürfte die Ursache für gelöschte Mods gefunden sein.

Aber für eine gelöschte .htaccess gibt es innerhalb des Chat-Systems keinen Auslöser. Und dass der Server eine .htaccess automatisch löscht, kommt nur bei wenigen Billighostern u.U. vor.
Bleibt m.E. noch ein versehentliches manuelles Löschen.
Bitte weiter verfolgen, und melde dich ggf. wieder.