plötzlich bekomme ich einen anderen Tag die Fehlermeldung das die htaccess-Datei fehlt.

Kannst du mir bitte den genauen Wortlaut der Fehlermeldung posten.

Und dann auf der Seite "Mods verwalten", da löscht sich alle 2-3 Tage der letzte Eintrag und es bleibt nur eine Leerzeile übrig.

Mods müssen registriert sein. Wenn nicht, dann werden sie aus der Liste "Mods verwalten" gelöscht. Das ist eine Sicherheitsmaßnahme. Bitte prüfe, ob die Mods, die automatisch gelöscht werden, in der Liste "Registrierungs-Verwaltung zeilenweise" enthalten sind, und zwar mit _exakt_ dem gleichen Nick.