Ich hatte mich da an die Kommentare ab Zeile 83 gehalten.

Hm? Dort steht:
// und so lassen sich einzelne Verzeichnisse ausschließen:
// Sinn macht das besonders, wenn $alledirs = true gesetzt ist.
// Nur Verzeichnisnamen, ohne Pfad, und ohne Slash (/) eingeben.

// $exclude_dirs = array(
// 'test1',
// 'subtest4',
// 'scripts'
// );