vor einiger Zeit habe ich gesehen, daß es bei der Lizenz für das Suchskript anscheinend eine Änderung gab - es darf jetzt nur noch auf nichtkommerziellen Seiten kostenlos verwendet werden.

Es gab keine Änderung. Obige Bedingung gilt, seit ich das Script anbiete, also seit 2005.

Aber ich frage mich doch: Darf ich denn auch für eine Website, mit der ich teilweise Gewinnerzielungsabsicht verfolge, das Skript in der Version von 2009 noch verwenden, wenn ich den Link auf Ihre Website beließe, oder ist die damalige Lizenz (Version vom 11.04.2009) hinfällig?

Ich verstehe die Frage nicht wirklich.
Wenn Sie 2009 eine Lizenz erworben haben, dann gilt diese Lizenz lebenslang, also auch heute noch, und auch für aktuelle und zukünftige Versionen.
Und wenn Sie eine Lizenz haben, dann ist doch auch die Frage nach der Nutzung des Scripts auf kommerziellen Seiten gegenstandslos. Die Lizenz berechtigt ja gerade auch zur Nutzung auf kommerziellen Sites.