Wie ist das bei einer Lizenz, bekommt man da neue Dateien ?

Nein. Es gibt lediglich einen Freischaltcode.

… falls man in der freien Version schon Anpassungen macht und die dann nochmal gemacht werden müssen, wenn man eine Lizenz kauft.

Nein, natürlich nicht. Die Anpassungen bleiben alle erhalten.
Aber ein Hinweis an der Stelle: Beim Update auf eine neue Version werden diese Änderungen evtl. überschrieben. Also immer schön dokumentieren, was man so alles "verbessert".