den aktuellen Chat inst. und dann eine Datei nach der anderen die ich geändert habe kopiert

Dann hast du jetzt ein Datei-Durcheinander, und Probleme damit sind vorprogrammiert.
Beim Update sollten immer alle Dateien ersetzt werden, weil die einzelnen Dateien ineinandergreifen.
Wenn du an einzelnen Dateien Änderungen vornimmst, solltest du diese Änderungen detailliert protokollieren, und nach einem Update ggf. in den neuen Dateien nachvollziehen.